Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta adalah sebuah instansi dalam lingkup Pemerintahan Kota Yogyakarta pada bidang Transportasi, Berdiri pada tahun 1996 dengan nama Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan (DLLAJ). Bertempat di Jl. Kyai Mojo 70 C, Bener, Tegalrejo, Yogyakarta. Tahun 1996-1997 DLLAJ dibawah kepemimpinan Gembong Suwarso, S.H. sebagai Kepala Dinas. Kemudian pada tahun 1998-2000 DLLAJ dipimpin oleh Ir. Widiastjarjo .

Pada tahun 2000 nama Dinas Lalu Lintas dan angkutan Jalan (DLLAJ) diubah menjadi Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta. Dibawah komando Widorismono, S.H., M.T. sebagai Kepala Dinas menggantikan Ir. Widiastjarjo, Dinas Perhubungan Kota berpindah ke Jl. Magelang No 41, Kricak, Tegalrejo, Yogyakarta.  

Menggantikan Widorismono, S.H., M.T., Agus Budiono, S.H. menjadi Kepala Dinas Perhubungan selama empat tahun. 

Kemudian pada tahun 2009-2011 Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta dipimpin oleh Priyono Raharjo SHKN. 

Widorismono, S.H., M.T. kembali menjabat sebagai Kepala Dinas pada tahun 2011-2012. Pada pemerintahan Widorismono, S.H., M.T. , kantor Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta dipindah ke Jl. Imogiri Timur No 1, seperti yang dapat ditemukan sekarang. 

Tahun 2013-2014 posisi Kepala Dinas dipegang oleh Plt. Drs. Purnomo Raharjo. Yang kemudian diteruskan dibawah pimpinan Wirawan Hario Yudo, S.H., M.M. sampai 2018.

Tahun 2019, Agus Arif Nugroho, S.STP, M. Si. mulai menjabat sebagai Kepala Dinas Perhubungan Kota Yogyakarta sampai saat ini.